清乾隆二十年(1755年)至二十四年(1759年)，清军两度进讨伊犁，平定辉特汗阿睦尔撒纳武装叛乱的作战。
阿睦尔撒纳归附
十一月，达瓦齐遣兵征伐阿睦尔撒纳，三战皆败。次年六月，达瓦齐重整军旅，命沙克都尔曼济率军3
万掠阿睦尔撒纳牧区，又命塔尔巴什率兵3千夹击，阿睦尔撒纳惨败。七月初，阿睦尔撒纳、纳默库、班珠尔共率4000户2万余口，向清朝投诚。乾隆帝此时正拟出兵伊犁，平定达瓦齐，对阿睦尔撒纳率众归附十分重视，即命侍郎玉保、副都统唐喀禄等带领喀尔喀王公前往赈济，发放牛羊、口粮，使其部众暂时游牧于乌里雅苏台附近的扎布汗河一带，并晋封阿睦尔撒纳为亲王，纳默库、班珠尔为郡王，给予优厚待遇。阿睦尔撒纳在热河避暑山庄觐见乾隆帝时，力陈卫拉特内乱情形，恳求清廷立即出兵讨伐达瓦齐。
乾隆二十年（1755）二月，清廷决定分两路向伊犁进发，命班第为定北将军，阿睦尔撒纳为定边左副将军，负责北路进军；永常为定西将军，萨喇尔为定边右副将军，负责西路进军。五月中下旬，清军占领伊犁。达瓦齐节节败退，在向喀什噶尔逃跑的过程中，被乌什城伯克霍吉斯所擒，押解到清军大营，并送往北京，后被乾隆帝特赦，病死于北京。
发动叛乱
清廷消灭达瓦齐势力后，决定“将卫拉特分封四汗，赏功策勋，用奖劳绩”。封车凌为杜尔伯特汗，阿睦尔撒纳为辉特汗，班珠尔为和硕特汗，噶勒藏多尔济为绰罗斯汗，并晋封阿睦尔撒纳为双亲王，食亲王双俸。但阿睦尔撒纳并不满足。他归附清朝，本就是一个策略，借清廷之手已把自己最大的对手达瓦齐势力消灭，统治四卫拉特成为他下一个目标。
阿睦尔撒纳在率领清军进兵伊犁前，就通过班珠尔、纳噶察等亲信制造他要当四部总汗的舆论。达瓦齐被擒后，他便以总汗自居。他虽贵为清朝的亲王、定边左副将军，但不用清纛（古代军队中的大旗），不穿官服，不戴清廷所授黄带孔雀翎，不用清朝所颁官印，并启用噶尔丹策零时珲台吉菊形篆印行文各部，并“用钤记行文，调兵九千”至布鲁特、哈萨克边境，拥兵自重。
对阿睦尔撒纳的这些行为，清廷早有察觉，便指示定北将军班第力促阿睦尔撒纳早日入觐，欲在其到达内地后将其剪除。诡计多端的阿睦尔撒纳亦察觉到事情有变，他于八月初十日从伊犁起程入觐，一路迟延不进，窥测局势，行至乌隆古河时，阿睦尔撒纳便公开反叛，并急驰至伊犁。八月二十九日，阿睦尔撒纳军包围了班第的镇守军，清军只有500人，班第、鄂容安兵败自杀，萨喇尔被俘。
面对突变的形势，乾隆帝及时采取了一些措施。乾隆二十年(1755)九月，重封卫拉特四部汗王，噶勒藏多尔济为绰罗斯汗，车凌为杜尔伯特汗，沙克都尔曼济为和硕特汗，巴雅尔为辉特汗，台吉3人封公，4人授扎萨克一等台吉，7人授扎萨克，宰桑2人授内大臣，5人为散秩大臣。这一措施旨在稳定卫拉特贵族之心，解除后顾之忧。随即令策楞为定西将军、达尔党阿为定边左副将军、扎拉丰阿为定边右副将军，组织第二次远征伊犁。
二征伊犁
乾隆二十一年（1756）二月，西路军由策楞、玉保统率，北路军由哈达哈等统率，向伊犁进发。
阿睦尔撒纳反叛后，并没有出现如他所预期的纷起响应反清的局面。许多首领反叛不久就倒戈相向，与阿睦尔撒纳为敌。准噶尔部再次陷入混战之中。阿睦尔撒纳面对清廷大军压境，无法组织有效抵抗。为缓兵计，他曾两次伪装投诚，并取得清军信任，停止对他的追剿，赢得了喘息时间，却使清军在近一年的追剿中无所进展。乾隆二十二年（1757）二月，清廷调整统帅，决心全歼阿睦尔撒纳。命成衮扎布为定边将军，兆惠为定边右副将军，车布登扎布为定边左副将军，调集满洲、索伦、蒙古、察哈尔、吉林等地兵马，兵分两路，再次征伐准噶尔。
命丧异国
此时，准噶尔内叛乱的诸台吉、宰桑等，内讧不已，加之部落内瘟疫流行，人畜大量死亡。六月，清军几乎兵不血刃顺利抵达伊犁。阿睦尔撒纳再次逃入哈萨克阿布赉汗处。当时，阿布赉慑于清廷的威力，恐招致清军的攻击，就遣使向清廷表示愿将阿睦尔撒纳擒献清廷。此举被阿睦尔撒纳觉察，乘夜带妻子亲随8人，盗马沿额尔齐斯河投奔俄国。沙俄一直在密切关注着准噶尔的形势，并屡屡向阿睦尔撒纳表示欢迎其投诚，故阿睦尔撒纳投奔俄国绝不偶然。乾隆二十二年九月，阿睦尔撒纳染上天花病死，时年35岁。
当阿睦尔撒纳逃往沙俄时，乾隆帝即命理藩院行文沙俄外交部进行交涉，要求其按两国商定的彼此不纳逃人的协议，交出阿睦尔撒纳。沙俄则推延不交。直到阿睦尔撒纳死后，沙俄才将其尸交给清朝。