董鄂妃在顺治十三年（1656年）八月二十五日被册为“贤妃”，仅一月有余，福临以“敏慧端良、未有出董鄂氏之上者”为理由，晋封她为皇贵妃。这样的升迁速度，历史上十分罕见。十二月初六日，福临还为董鄂妃举行了十分隆重的册妃典礼，并按照册封皇后的大礼颁恩诏大赦天下。
中国第一历史档案馆中保存了册立董鄂妃为皇贵妃的《诏书》。按常规，皇帝只有在册立皇后的大礼上才会颁布诏书公告天下。董鄂妃享受到这种特殊礼遇，表明她得到了顺治不同寻常的宠爱。
顺治十四年（1657年），董鄂妃生下皇四子，顺治十分欣喜，颁诏天下“此乃朕第一子”，对这个孩子的待遇如同嫡出，大有册封太子之意。
然而这个孩子生下不到三个月就夭折了，顺治下令追封其为和硕荣亲王，为他修建了高规模园寝。董鄂妃本来就体弱多病，皇四子又百日而殇，这种打击使得她从此一病不起，顺治十七年（1660年）八月十九日，董鄂妃香消玉殒，病逝于东六宫之一的承乾宫，年仅22岁。据福临说，董鄂妃崩时“言动不乱，端坐呼佛号，嘘气而死。薨后数日，颜貌安整，俨如平时”。
帝王虽然后宫佳丽无数，但是真正让顺治视为红颜知己还是董鄂氏，顺治帝对董鄂妃可谓是一见钟情，至死不渝。
董鄂氏原本体弱多病，皇四子又百日而殇，这种打击使得她一病不起，顺治十七年（1660）八月十九日，一代佳人董鄂氏香消玉殒，病逝于东六宫之一的承乾宫，顺治哀痛至极，他以超常的丧礼来表达对爱妃的哀悼，董鄂氏临终前曾嘱咐：“去世后禁装金玉之物，丧礼俭素”还未说完便亡，顺治帝仍以皇后礼葬。
董鄂氏去世后第三天，即八月二十一日，顺治皇帝谕礼部：“皇贵妃董鄂氏于八月十九日薨逝，奉圣母皇太后谕旨：‘皇贵妃佐理内政有年，淑德彰闻，宫闱式化。倏尔薨逝，予心深为痛悼，宜追封为皇后，以示褒崇。’朕仰承慈谕，特追封，加之谥号，谥曰‘孝献庄和至德宣仁温惠端敬皇后’。其应行典礼，尔部详察，速议具奏。”
在礼臣们拟议谥号时，“先拟四字，不允。至六字、八字、十字而止，犹以无‘天’‘圣’二字为歉”。顺治欲将太监、宫女30名悉行赐死，“免得皇妃在其他世界中缺乏服侍者”。顺治十七年（1660）八月二十七日，孝献皇后董鄂氏的梓宫从皇宫奉移到景山观德殿暂安，抬梓宫的都是满洲八旗二、三品大臣。
这在有清一代，不仅皇贵妃丧事中绝无仅有，就是皇后丧事中也未见过。孝献皇后董鄂氏的梓宫移到景山以后，顺治为她举办了大规模的水陆道场，请108名僧人诵经祈福超度亡魂。十月初八日，顺治皇帝第五次亲临寿椿殿，为后断七。
当年十一月,顺治皇帝以董鄂氏的遗愿，下令停止下年秋决。还在顺治十七年十一月初八西苑广济两山同时举行孝献皇后仙驭道场继续为逝者超度祈福。
清制中平时皇帝批奏章用朱笔，遇有皇帝或者太后去世时改用蓝笔，过27天后，再用朱笔。而孝献皇后董鄂氏之丧，顺治帝用蓝笔批奏章，从八月到十二月，竟长达4个月之久。为了彰显孝献皇后董鄂氏的贤德、美言、嘉行，顺治命大学士金之俊撰写《孝献皇后传》，又令内阁学士胡兆龙、王熙编写《孝献皇后语录》。
顺治亲自动笔，饱含深情地撰写了《孝献皇后行状》，以大量的追悼孝献皇后董鄂氏的《御制哀册》、《御制行状》的具体实例，展现了孝献端敬皇后董鄂氏的美言、嘉行、贤德，洋洋达四千言，内容十分丰富。顺治帝让学士撰拟祭文，“再呈稿，再不允”。后由张宸具稿，“皇上阅之，亦为堕泪”。
按：《上海县志·文苑传》：“宸字青琱，博学工诗文，由诸生入太学，选中书舍人。时端敬皇后宾天，上命词臣拟撰祭文，三奏草而上不怿。最后属宸云云。寻迁兵部督捕主事。顺治对董鄂氏的丧礼大操大办也明知违背她的意愿，但他无法自制，似乎只有如此表示对董鄂氏生前没有晋升皇后的深深遗憾和怀念
在孝献皇后董鄂氏薨逝后仅半年，顺治帝染上当时的不治之症——天花。当时正直元旦，无论宫中与民间都张灯结彩准备欢度新年，就在这时皇帝病重的消息从宫中传出，朝廷传谕全国“毋抄豆、毋点灯、毋泼水”，并颁布大赦令，可惜并无收效。
在钦定皇三子爱新觉罗·玄烨（康熙帝）即位、口述遗诏后，顺治皇帝于正月初七日半夜崩于养心殿，时年二十四岁。清康熙二年，孝献端敬皇后董鄂氏、孝康章皇后佟佳氏（康熙生母）一起与清世祖顺治皇帝爱新觉罗·福临合葬于清东陵中的孝陵。在清东陵中顺治的地宫是惟一没有被盗过的,她与他在身后的确得到了长久的宁静。