皇太极在位期间，在充分研究了当前的军事形势后，确定了对明朝议和，先进攻朝鲜和蒙古，待朝鲜和蒙古被征服后，再挥师南下攻明的策略。
军事建设
皇太极在国内大力实行改革时，并没有放弃父汗努尔哈赤对外扩张的政策。他命令军队建造具杀伤威力的武器红衣大炮，并且将单一的骑兵兵种，改建成一支骑兵、炮兵与步兵多兵种的军队。皇太极十分重视汉族地主知识分子和明朝降官降将的作用，对他们采取招降收买政策。不仅通过考试儒生，网罗了两百余名汉族文人，而且此后又多次举行考试，分别优劣，量才录用。对大批降将赐以庄田、奴仆、马匹，并委以官职。对明大将孔有德、耿仲明、尚可喜、沉志祥等纷纷自愿来投的行为封王封侯，宠荣备至。随着蒙古的臣服，明朝将领的降顺，皇太极逐步建立蒙古八旗和汉军八旗，大大增强了军事力量。
对外战争
对于朝鲜，皇太极经过两次出征，朝鲜国王李倧被迫投降，称臣纳贡，允诺与明朝断绝往来，并将王子送到沈阳为人质。
对蒙古诸部，皇太极采取“慑之以兵，怀之以德”的政策。首先争取与察哈尔林丹汗不和的科尔沁、喀喇沁等部的归附。为了笼络蒙古封建上层分子，皇太极用联姻、赏赐、封王封爵、定外藩功臣袭职例、崇奉喇嘛教、与西藏僧俗头领建立联系等手段，取得了蒙古诸部的支持和效忠。天聪八年（明崇祯七年，1634年），林丹汗在青海去世。次年（1635年），后金军继续进攻察哈尔余部，林丹汗之子额哲奉母献传国玺归降。鄂尔多斯部也为后金所并。至此，漠南蒙古全部统一于后金。
对明朝，皇太极全力以赴发动战争。崇德元年（明崇祯九年，1636年），他命阿济格统兵南侵，掠夺人畜十八万。崇德三年（明崇祯十二年，1638年），又命多尔衮、岳托率军南侵，攻破城池五十多处，虏获人口四十六万，金银百余万两。为了从正面打开山海关，自崇德五年（明崇祯十三年，1640年）三月起，发动了锦州战役。明廷派蓟辽总督洪承畴率十三万大军往援锦州祖大寿。皇太极亲自坐镇指挥。崇德七年（明崇祯十五年，1642年）二月十八日松山城陷，明将洪承畴被俘，祖大寿在锦州投降。至此，明朝在关外仅剩宁远一孤城。
整合八旗
皇太极的统治还继续利用了八旗这个军政合一的组织。他使八旗通过变革越发充满生机。一是对满洲八旗不断补充新的成员，二是完善和扩大蒙古八旗、汉军八旗。努尔哈赤时的满洲被称为“佛满洲”，即旧满洲。皇太极对黑龙江等地多次用兵，带来大批少数民族加入满洲共同体，被称为“伊彻满洲”，即新满洲。皇太极把新满洲编入八旗。崇德五年（明崇祯十三年，1640年）一次就把征索伦俘获的新满洲壮丁并家小五千六百七十三人编为牛录，隶于八旗了。同时把征库尔喀俘获的新满洲壮丁四十二人补充了各旗披甲的缺额。满洲八旗之外，蒙古八旗早于汉军八旗建立。崇德年间汉军八旗发展最快。
崇德二年（明崇祯十年，1637年），照满洲例，汉军分为两旗，四年扩大为四旗，每旗设牛录章京十八人，固山额真一人，梅勒章京二人，甲喇章京四人，但内部仍分正黄镶黄两旗，正白镶白两旗，正红镶红两旗，正蓝镶蓝两旗。崇德七年六月正式完成了汉军八旗的建制。皇太极说：“我国出则为兵，入则为民，耕战二事，未尝偏废。”这种扩大满洲八旗和建立蒙古八旗与汉军八旗，既增强了清朝的武装力量，也对满蒙汉的广大人民实行了深一层的控制。尤其是为了夺取全中国统治权，皇太极创立的汉军八旗有重要意义。