沈括的《梦溪笔谈》宋本祖刻本早已毋见。
据流传本考订，可知《梦溪笔谈》最初刻本为三十卷，内容比今本要多，但都散佚。
北宋有扬州刻本，南宋孝宗乾道二年又曾重刻行世，惜宋刻本今皆不存。
《梦溪笔谈》，现所能见到的最古版本是中国国家图书馆收藏的1305年（元大德九年）陈仁子东山书院刻本。此本据南宋乾道本重刊（见本节插图），尚可窥宋本旧貌，其开本很大，极为铺陈，而版框很小，装帧为当时流行的蝴蝶装，在元代刻本中独具特色。
元大德刊本的卷首有“东宫书府”、“文渊阁”两方朱文方印，卷内还钤有“汪士钟印”、“平阳汪氏藏书印”、“臣文琛印”、“甲子丙寅韩德均钱润文夫妇两度携书避难记”等印。
该元大德刊本流传有序：元代曾藏于元宫中，明太祖朱元璋灭元后得到，并赠送给太子朱标，后又归宫中“文渊阁”。
清代，从宫中流出，为汪士钟的艺芸精舍、松江韩氏先后收藏。后为近现代著名藏书家陈澄中（1894年-1978年）收入囊中。
陈澄中于解放前后移居香港，1965年，有意将包括这部《梦溪笔谈》在内的一批珍贵善本出让，时中国国务院总理周恩来为避免珍贵文物外流，亲自过问，责成文化部指派专人前去洽办，最终在国家经济并不宽裕的情况下，斥巨资购回，成为书林佳话。1976年，文物出版社曾影印出版，为了让大众使用方便，2003年，“中华再造善本工程”出版简体版的《梦溪笔谈》。
关于《梦溪笔谈》校订注释本等，明、清两代至民国年间，不断有高质量版本出现，如：明弘治徐瑶刊本，明1631年（崇祯四年）嘉定马元调本，清1805年（嘉庆十年）海虞张学鹏学津讨原本，清光绪番禺陶氏爱庐刊本，近代王国维、叶景葵也有手校本。
通行的《梦溪笔谈》正、补、续三编本首出《稗海》。
今有：《梦溪笔谈》文物出版社1976年影印元东山书院刻本；《梦溪笔谈》国家图书馆“中华再造善本工程”2003年影印元东山书院刻本；胡道静《新校正梦溪笔谈》，上海出版公司1956年版；《梦溪笔谈》中华书局1957年版；《梦溪笔谈·补笔谈·续笔谈》大象出版社“宋人笔记”第一编，2005年版；1956年，上海出版公司出版了胡道静的《梦溪笔谈校证》，考据精详。
1957年，中华书局又出版了胡道静的《新校正梦溪笔谈》，很便于阅读。
此外，《梦溪笔谈》在国外也很有影响，早在19世纪，它就因为其活字印刷术的记载而闻名于世。
20世纪，法、德、英、美、意等国都有人对《梦溪笔谈》进行系统而又深入的研究，并有全部或部分章节的各国译本向社会公众加以介绍。
日本早在19世纪中期，就用活字版排印了沈括的这部名著，是世界上最早用活字版排印《梦溪笔谈》的国家。
从1978年起，日本又分三册陆续出版了《梦溪笔谈》的日文译本。