李孝恭生于591年，即隋开皇十一年。他有显赫的出身，属于贵族世家子弟。他的曾祖父李虎在西魏时受封为柱国大将军，与宇文泰、元欣、李弼、赵贵、于谨、独孤信、侯莫陈崇并称为“八柱国”。他一生战功赫赫，死后位列凌烟阁二十四功臣第二位。他的战绩中不得不说的是平定巴蜀，他是如何攻占巴蜀，不战而屈人之兵的呢？
这其中，李弼是李密的曾祖父，独孤信是隋文帝杨坚的岳父、李渊的外祖父。李孝恭的祖父是北周朔州总管李蔚，他父亲李安在隋朝官至右领军大将军。
李孝恭的先辈们多是武将，从西魏到隋，都是国家的栋梁。他在这样的家庭环境中长大，从小受到很好的教育，军事才能出众。《新唐书·李孝恭传》说他“少沈敏，有识量”。可见他从小就非等闲之辈。
李孝恭家和李渊家关系密切，渊源很深。李孝恭曾祖父李虎是李渊的祖父。李孝恭的祖父李蔚是李虎的第七个儿子，而李世民的祖父李昺是李虎的第三个儿子。李世民生于开皇十八年。由此算来，李孝恭是李渊的堂侄，和李世民是堂兄弟。两家人同属一个家族。新、旧《唐书》都把李孝恭载入宗室传中。
他的显赫出身以及“年少材厚”注定他将在隋末的动荡局势中有一番大作为。
隋大业十三年（617年）十一月，李渊、李世民父子占领长安，隋朝的灭亡进入倒计时。在长安，李渊对下一步行军作战进行了部署。李渊先任命李孝恭为左光禄大夫，后又把平定巴蜀的重任交给他，任命他为山南道招慰大使，领兵出巡巴蜀地区。此时李孝恭年仅26岁。
李孝恭不辱使命，他带军直入巴蜀，平定巴蜀三十余州。
李孝恭入巴蜀，军事政策以“仁德”著称，他对投降之徒怀之以礼，抚慰有加。这使得他所到之处杀戮少而服者众。
在与迦楼罗王朱粲军激战时，李孝恭大军大破朱粲军，俘虏了很多人。朱粲以性情残暴著称，甚至传言他曾吃人。诸将都说：“朱粲之徒杀食活人，是一群穷凶极恶的乱贼，不如将他们坑杀算了。”
李孝恭不同意，他说：“不能这样。如今列城尽在寇境，如获敌则杀，以后还有谁敢归降咱们呢？”于是将他们全都释放。
由此，大军到处，发下檄文，往往处兵不血刃，达到了“不战而屈人之兵”的境界。
武德二年（619年），李孝恭被封为信州总管，承受制命可以权益授官。
《旧唐书》：河间王孝恭，琛之弟也。高祖克京师，拜左光禄大夫，寻为山南道招慰大使。自金州出于巴蜀，招携以礼，降附者三十余州。孝恭进击朱粲，破之，诸将曰：“此食人贼也，为害实深，请坑之。”孝恭曰：“不可！自此已东，皆为寇境，若闻此事，岂有来降者乎？”尽赦而不杀，由是书檄所至，相继降款。武德二年，授信州总管，承制拜假。