关于雍正为何杀年羹尧，史学界向来有争论。有人说是因为年想造反，又有人说年羹尧当年参与了雍正与诸兄弟的皇位之争，雍正这样做是杀人灭口。所以大概有以下几种说法：
一种观点认为年羹尧的死是因为他自立为皇帝。乾隆时学者萧奭在《永宪录》中提到：年羹尧与静一道人、占象人邹鲁都曾商谈过图谋不轨的事。有的学者也持此说，认为“羹尧妄想做皇帝，最难令人君忍受，所以难逃一死”。
而《清代轶闻》一书则记载了年羹尧失宠被夺兵权后，“当时其幕客有劝其叛者，年默然久之，夜观天象，浩然长叹曰：不谐矣。始改就臣节”。说明年确有称帝之心，只因“事不谐”，方作罢“就臣节”。其实这种说法是没有充分依据的。
在封建时代最注重名分，君臣大义是不可违背的，做臣子的就要恪守为臣之道，不要做超越本分的事情。
年羹尧的所做所为的确引起了雍正的极度不满和某种猜疑。年羹尧本来就职高权重，又妄自尊大、违法乱纪、不守臣道，招来群臣的侧目和皇帝的不满与猜疑也是不可避免的。雍正是个自尊心很强的人，又喜欢表现自己，年羹尧的居功擅权将使皇帝落个受人支配的恶名，这是雍正所不能容忍的，也是雍正最痛恨的。
雍正并没有惧怕年羹尧之意，他一步一步地整治年羹尧，而年也只能俯首就范，一点也没有反抗甚至防卫的能力，只有幻想雍正能看着旧日的情分而法外施恩。所以，他是反叛不了的。雍正曾说：“朕之不防年羹尧，非不为也，实有所不必也。”至于年羹尧图谋不轨之事，明显是给年罗织的罪名，既不能表示年要造反，也不能说明雍正真相信他要谋反。
从年羹尧来看，他一直也是忠于雍正的，甚至到了最后关头也一直对雍正抱有很大幻想。
在被革川陕总督赴杭州将军任的途中，年羹尧幻想雍正会改变决定，因而逗留在江苏仪征，观望不前。结果这反使雍正非常恼怒，他在年羹尧调任杭州将军所上的谢恩折上这样批道：“看此光景，你并不知感悔。上苍在上，朕若负你，天诛地灭；你若负朕，不知上苍如何发落你也！……你这光景，是顾你臣节、不管朕之君道行事，总是讥讽文章、口是心非口气，加朕以听谗言、怪功臣之名。朕亦只得顾朕君道，而管不得你臣节也。只得天下后世，朕先占一个是字了。”雍正的这段朱批实际上已经十分清楚地发出了一个信号：他决心已定，必将最终除掉年羹尧。
直至年羹尧接到自裁的谕令，他也一直迟迟不肯动手，还在幻想雍正会下旨赦免他。但雍正已经下定决心，认为使其免遭凌迟酷刑、自裁以全名节已属格外开恩，所以他应该“虽死亦当感涕”，因此年羹尧生路已绝。
一个想要谋反的大臣怎么会对皇帝有这种不切实际的幻想呢？雍正在给年羹尧的最后谕令上说：“尔自尽后，稍有含冤之意，则佛书所谓永堕地狱者，虽万劫不能消汝罪孽也。”在永诀之时，雍正还用佛家说教，让年心悦诚服，死而不敢怨皇帝。
还有一种观点认为，年羹尧参与了雍正夺位的活动，雍正帝即位后反遭猜忌以至被杀。不只是稗官野史，一些学者也持这种看法。据说，康熙帝原已指定皇十四子胤继位，雍正帝矫诏夺位，年羹尧也曾参与其中。他受雍正帝指使，拥兵威慑在四川的皇十四子允，使其无法兴兵争位。雍正帝登基之初，对年羹尧大加恩赏，实际上是欲擒故纵，待时机成熟，即罗织罪名，卸磨杀驴，处死年羹尧这个知情之人。
有人不同意此说，主要理由是雍正帝继位时，年羹尧远在西北，并未参与矫诏夺位，亦未必知晓其中内情。但客观上讲，当时年羹尧在其任内确有阻断胤禵起兵东进的作用。
关于雍正帝篡改遗诏夺取皇位的情况，许多著述都进行了阐释，阎崇年先生的《正说清朝十二帝》也有系统归纳，此不赘言。各家说法，见仁见智，莫衷一是。雍正即位一事，确实疑点很多。而他即位后，又先后处置了原来最为得力的助手年羹尧和隆科多，让人更不禁要怀疑这是作贼心虚、杀人灭口。当然，这只能算是合理推定，尚无铁的资料作为支撑，所以，这种怀疑套句俗语说就是：“事出有因，查无实据。”
我们暂且抛开雍正决心除掉年羹尧的真正动因不说，从年羹尧自身而言，他的死确实有点咎由自取。他自恃功高，妄自尊大，擅作威福，丝毫不知谦逊自保，不守为臣之道，做出超越臣子本分的事情，已为舆论所不容；而且他植党营私，贪赃受贿，“公行不法，全无忌惮”，为国法所不容，也为雍正所忌恨。这就犯了功臣之大忌，势必难得善终。所以《清史稿》上说，隆、年二人凭借权势，无复顾忌，罔作威福，即于覆灭，古圣所诫。