明代百回本《西游记》的作者，旧传为丘处机，此说随着钱大昕对《长春真人西游记》原书的披露而不攻自破。
乾隆时又出现了另一种新说法，有位籍贯江苏淮安的学者吴玉搢认为百回本《西游记》的作者是他同乡明朝人吴承恩。在他撰写的《山阳志遗》卷四里说：“天启旧志列先生（指吴承恩）为近代文苑之首，……及阅‘淮贤文目’载《西游记》为先生著，……书中多吾乡方言，其出淮人无疑。”
这是指明天启《淮安府志》卷一九艺文志“淮贤文目”中，著录有“吴承恩《射阳集》四册卷，《春秋列传序》，《西游记》”，其中包含题名为“西游记”的作品；同时，章回小说《西游记》中也多有苏北方言，由此两点判定吴承恩是小说《西游记》的作者。
后来鲁迅的《中国小说史略》、胡适的《西游记考证》都采用了吴玉搢这个说法，并对吴承恩的事迹作了考订，从此吴承恩著西游记这件事就几乎成为家喻户晓的文学常识。然而学术界就此仍存有争议。
《百回本〈西游记〉是否吴承恩所作》中指出，从《西游记》问世直到二十世纪二十年代的三百余年里，各种刊本或署朱鼎臣编辑，或只署华阳洞天主人校而不署作者姓名，或署丘处机撰，没有一本承认吴承恩的著作权。
胡适1921年的《西游记序》也说此作“是明朝中叶以后一位无名的小说家做的”。后来鲁迅先生力主吴承恩说，胡适得到鲁迅抄给他的材料，便在《〈西游记〉考证》中也持此主张。
章培恒指出，在清初黄虞稷的千顷堂书目里是把“吴承恩西游记”著录进卷八史部地理类的，可见前述《淮安府志》著录的吴承恩的《西游记》，应是地理类的游记而并非章回小说，而且吴承恩曾仕明荆王府的纪善官职，从他的故乡苏北淮安到湖北蕲州的荆王府正可说是“西游”。从方言看，西游记的作者也可能并非苏北人吴承恩。
章文已考知百回本《西游记》中“实是长江北部地区的方言与吴语方言并存”，又考知《永乐大典》所引“梦斩泾河龙”一段中“本存在苏北地区的方言，却无吴语方言，经百回本的作者加工后，增添了吴语方言，但没有再增添苏北地区的方言”。
黄永年赞同章培恒的观点，并补充论据：其一，百回本的原本初刻应在嘉靖初年就已出现，而吴承恩其人一般估计1500年（明弘治十三年）才出生，到1522年（嘉靖元年）他才二十二、三岁，写成百回、二十卷的大部头西游记，而且写得如此“世事洞明”“人情练达”，可能性很有限。其二，黄寿成注意到，百回本二十九回的回目是“脱难江流来国土，承恩八戒转山林”，如果吴承恩真是作者，不应在这里用上“承恩”二字，而且用在形象并不光辉的“八戒”前面。
吴承恩著《西游记》说的流行并非偶然，具有丰富的证据支撑。主要有：吴承恩曾任职于湖北荆宪王府，符合《刊西游记序》中指出的“《西游记》出于藩王府”这个条件；《淮安府志》关于吴承恩生平个性，特别是“吴承恩著《西游记》”有明确记载；吴承恩《射阳先生存稿》（后编为《吴承恩诗文集》）与《西游记》存在多方互证；《西游记》具有诸多淮海地缘特征，如一说孙悟空原型为淮河神猴无支祁、唐僧籍贯为海州聚贤庄等。但从学理上作仔细考量，“吴著”说也难以成为定案。