姚鼐治学以经学为主，兼及子史、诗文。他文宗方苞，师承刘大櫆，主张“有所法而后能，有所变而后大”，在方苞重义理、刘大櫆长于辞章的基础上，提出“义理、考据、辞章”三者不可偏废，发展和完善了桐城派文论。为桐城派散文之集大成者。著有《惜抱轩诗文集》，编有《古文辞类纂》等。
清代理学虽处官方哲学地位，但乾嘉时期学界主流却是汉学，考据之风弥漫学术界的上空，理学相形见绌。姚鼐作为乾嘉时期的桐城派殿军，始终以程朱理学为治学大归，认为程朱之说最能继承孔孟之说，所以在汉宋之争趋激烈之时，极不满汉学家对程朱理学的讥讽。在四库馆时，以笃守桐城家法而尊宗程朱的姚鼐在汉学大本营的四库馆内与同僚有着不同旨趣的学术宗尚，学术上的分歧争论使其最终激流勇退，讲坛教学。而姚鼎讲学授徒时着力在学术上尊宋抑汉，训谕学生要以程朱为主，勿入汉学之列，其弟子突出地继承了其衣钵，不同程度的在学界掀起波澜，使学术格局为之一变，对理学复兴之功不可忽视。
姚鼐以宋儒之学为治学之本，故指斥考据的汉学家为舍本逐末；但他也不废弃汉儒治经之长。姚鼐笔下的“汉学”分为两个层次，一是汉儒之学，主要是指东汉许慎、郑玄为代表的训诂考据学问；二是当世学者舍弃宋学之后，效法、祖述和发挥汉儒之学而形成的新学风。姚鼐既责备汉儒之学，也鄙薄当世汉学，而责备汉儒之学的着眼点是为了与当世汉学家论辩，最终目的则是维护宋学，尊宋抑汉的倾向至为明确。 其主要依据如下：
1、汉儒未必得圣人之道。汉学家之所以尊汉，是因为他们认为，汉儒离圣人生活的时代较近，学有所承，又讲究训诂，于圣人之旨所得为多，因而，汉儒之学乃后人探研圣道的最佳途径。然而在姚鼐眼中，汉儒固然去古较近且学有所承，但这并不能保证其一定得圣人之道。姚鼐在《赠钱献之序》中认为，汉儒因暴秦焚书，典籍亡佚，治经本来就存在困难；而其传经方式又是师弟相授，家别派分，各为专门，各家之间不仅“不相通晓”，而且怒恨嫉妒，褊狭殊甚。这就使得他们“与圣人之道，犹筑墙垣而塞门巷”。其次郑玄等通儒固然卓尔不群，但其解经既用谶纬的说法夹杂其间，又用卑俗琐碎的东西搅乱学术，同样难免掩蔽经典之意。既然汉儒治学并不能保证得圣人之道，因而姚鼐坚决反对时人媚汉，尤其反对奉郑玄一家之解为圭臬。
2、当代汉学家变本加厉地发展了汉儒治学的缺陷，猎枝去根，搜细遗钜，因而不免离道愈远。姚鼐在《赠钱献之序》中说：“从明末到现在，学者厌恶儒生不考求古代的东西而被近代的东西所蒙蔽，于是专心于考求古代的名物制度等，以博洽来衡量学问，以相互挑毛病为目标。”姚鼐所说的“根”、“钜”就是程朱义理；“枝”、“细”就是时人采用汉儒训诂考据方式所治之学。他认为，学术演变更迭是自然之事。如果领袖新学的大儒能抓住根本，摒除旧学的缺憾并纠正，自是进步；若不然，则反有所逊。而汉学诸人在弃绝宋学末流之弊时，连程朱义理的大本也舍掉了，一味抓住枝条不放，如此“大小之不分，精粗之弗别”，实乃为学之蔽。