军机章京俗称“小军机”，早期也称为“司员”。最初，章京无一定额数，在内阁中书等官员中选调。乾隆初，改由内阁、各部、理藩院等衙门调派。
自嘉庆四年（1799年）始，定军机章京分满、汉各两班，每班8人，共32人。各班设领班、帮领班章京各1员，由军机大臣于章京中选资深望重者任之。
军机章京的选任，据《枢恒纪略》卷7载：“汉军机章京由内阁中书、六部郎中、员外郎、主事、七品小京官由进士、举人出身者兼充；满军机章京以内阁中书、六部、理藩院郎中、员外郎、主事、笔帖式兼充”。光绪三十二年（公元1906年）确定汉章京额缺为20人。
工作任务
军机章京亦为兼差，选用者必须为进士、举人、拔贡出身，年纪轻，办事练达，撰拟迅速，书写端正。其原职缺升至通政司副使、大理寺少卿官及三品，即调归本任。军机处选补章京，由各衙门开具履历保送，军机大臣亲加考试，合格者即带领引见，录用与否由皇帝决定。录取后，依次列名存记，俟缺出按单调取。军机章京向例不参加京察，其奖叙升转由军机大臣酌情保奏。
光绪三十二年（1906年）十二月初十，奏定变通军机章京升补章程，定军机章京为实缺，其领班章京秩视三品，帮领班章京秩视四品，以下各章京俱按原品实授；并规定三年递升的升补办法。军机章京负责军机处的日常工作，如处理文书、记注档册、撰拟文稿等。值宿之章京，夜间遇有紧要事件，亦有单独被皇帝召见承旨撰书谕旨者；还可参与军机大臣所承办案件的审理等。
军机章京之职务，一为议旨呈由军机大臣改定；二为每日折奏交内阁后，由章京钞录折底归档，三年缮修一次，保举最优；三为修方略时，兼充纂修。每日轮二人值班，惟领班不值。凡值班资格较深者，称为“老班公”，其次称为“小班公”。老班公掌谕折，小班公掌档案及金钥，所谓“随手档”者，即按日分地分时，摘录事由，汇记收发谕折，俾经过之事，一目了然。
元旦日无事，则书“太平无事”四字於其日之下；有事，则书“太平有象”四字；万寿日，书“万寿无疆”四字，亦故事也。此外，军机章京例派四人轮值总理各国事务衙门，因同光时外交关系重要，军机大臣多兼总理大臣，欲使军机处与总理衙门发生连锁关系，故不得不以章京承值，每次派大员赴外省查案时，亦有调章京为随员者。
乾隆时，温福、傅恒出征大小金川及缅甸，皆曾请派章京随行。章京出军机以后，各省督抚以其熟悉政情，往往延为上宾，如乾隆时史学家赵翼之入李侍尧幕，即其最著者也。故论军机处权能，章京位分虽低，隐握实权，势耀煊赫，仅稍次于军机大臣而已。