清朝统一台湾后，康熙帝由郑氏那里了解到对日贸易的好处，于是于1685年颁布了《展海令》允许人民出海经商。这一政策致使去长崎的唐船骤增三、四倍以上。
同年，日本政府则颁布《贞享令》，规定每年去长崎贸易的总额：中国船贸易额不得超过白银六千贯，荷兰船不得超过三千贯。贸易总额超过白银六千贯后，即禁止此后该年入港的其他中国船舶进行贸易，勒令运回货物。故来得较晚的中国商船不得不驶回中国，不过不少中国船就在日本沿海进行走私贸易。
康熙二十七年（1688年）赴日唐船达117艘，而该返回中国而从事走私贸易的船达22艘。
康熙三十七年（1698年）日本政府限定赴日贸易的唐船为80艘。直至康熙五十四年（1715年），为防止日本产铜原料之外流，幕府公布《正德新令》，限止每岁赴日唐船为30艘，此令一出，唐船抵长崎者自行减少。
日本人翻译了康熙《圣谕》，并且称呼康熙帝为“上国圣人”，康熙的训渝《十六条》，以《圣渝广训》书名刊行，1788年并附以雍正对十六条训渝的敷衍释文於书后再次出版。称该训渝“实为万世不易的金言”，对雍正亦称为“希世仁君”。
康熙二十三年（1684年）攻克台湾。康熙皇帝由郑氏那里了解到对日贸易的众多好处，于是清政府于1685年正式废除了《迁海令》，颁布了《展海令》允许人民出海经商。这一开明的政策致使去长崎的唐船骤增三、四倍以上，互市之盛堪称空前。
同年，日本政府则颁布《贞享令》，规定每年去长崎贸易的总额：中国船贸易额不得超过白银六千贯，荷兰船不得超过三千贯。贸易总额超过白银六千贯后，即禁止此后该年入港的其他中国船舶进行贸易，勒令运回货物。故来得较晚的中国商船常被禁止入港，不得不驶回中国，不过不少中国船就在日本沿海进行走私贸易。
清康熙二十三年，朝廷颁布“展海令”，沈家门由“海防要塞”逐渐向渔港转化，传入“小对、小捕作业”，渔民增多，捕捞业得以开发。至乾隆年间，大对船、大捕船兴起，渔业大盛，渔港拓展。沈家门一派大港气象，桅樯如林，万商云集，市肆骈列，海物错杂，大街小巷，腥味盈天。
每当小黄鱼汛、大黄鱼汛、乌贼汛、鳓鱼汛、带鱼汛、海蜇汛等汛期到来，沈家门更是旆旗招展，号角长鸣；入夜后还万家灯火，繁华异常，有“小上海”之称。
更重要的、也是舟山最幸运的，是其还有得天独厚的强大精神资源——被尊为“海天佛国”的普陀山，坐落于舟山本岛的莲花洋中。自唐代开创观音道场，已愈千年之久，是国内外最大的观音菩萨供奉地。当年鉴真和尚经此东渡日本，成就了世界佛教史上的经典。
明清时期，岛上除少数商店，“有宅皆寺，遇人皆僧”，佛事鼎盛。至民国初年，还有僧众2600余人，依附于佛教的道士（念伴）750人。