自康熙十二年(1673年)十一月二十一吴三桂起兵反清，至康熙二十年（1681年）十月二十九吴世璠自杀，清军进入昆明，三藩之乱历时八年。而其演变过程，大致可分为三个阶段。
第一阶段
自康熙十二年十一月至十五年四月。
战争开始，吴三桂兵出云贵，向湖南进攻，屡次大败清军，并迅速的进据湖南澧州、常德、岳州、长沙，取得了空前的大胜。
而清军却已经十余年不经战事，军备松弛，所以全线溃败。当年的八旗铁骑，在温柔的江南之地安享了十余年后，已经再无当年的威风煞气。最后，清军集结在荆州、武昌、宜昌，勉强与吴军对峙，防止吴军跨过长江，进兵中原。
而同时，广西将军孙延龄叛于广西，罗森、郑蛟麟、吴之茂叛于四川，耿精忠叛于福建，台湾郑经渡海进兵福建漳州、泉州和广东潮州，提督王辅臣又叛于宁羌，击杀清陕西经略莫洛。
一时，清王朝四方警讯频传，人心动摇。
但清王朝毕竟是全国性政权，可以调动的兵力、财力、人力、物力远非三藩可比，所以，三藩如果不能在战争初期取得决定性的胜利，失败，就是注定了。
同时，战争初期，吴三桂显露出了战略眼光和胆识气魄的不足，一心想划江而治，结果失去了决胜的机会。
第二阶段
自康熙十五年五月至十七年七月。以王辅臣败降平凉为转机，形势向有利于清军发展。随后，因郑经部争据福建漳、泉、兴、汀等地，耿精忠腹背受敌，仓促撤兵请降。尚之信也相继投降。孙延龄又被吴世璠杀于桂林。于是，清军集中兵力进逼长沙、岳州，吴三桂聚众固守。两军在江西吉、袁二州、广东韶关、永兴和广西梧、浔二州及桂林等湖南外围要地反复争夺。清军将帅每多观望，旷日糜饷，在军事上仍处于相持阶段。
第三阶段
自康熙十七年八月至二十年十月。康熙十七年，年已七十四岁的吴三桂在衡州称帝，国号大周，但未能改变叛军的困境。同年秋，吴三桂病死，形势陡变。叛军无首，众心瓦解。其孙吴世璠继承帝位。清军趁机发动进攻，从此叛军一蹶不振，湖南、广西、贵州、四川等地逐步为清军恢复。但马宝、胡国柱等叛军仍困兽犹斗，节节顽抗；满洲将帅仍多迁延，以致时逾两年，清军才进逼云南，康熙二十年底，围攻省城昆明。吴世璠势穷自杀，余众出降，三藩之乱终告平定。
历史影响
三藩之乱，虽然带来了空前的破坏，但战争结束后，清王朝实现了统一。