瑶族人民的信仰属于多神崇拜。过去，瑶族认为万物有灵，对自然虔诚膜拜，祭礼寨神、家神、水神、风神、雨神、雷神、树神、山神等，每逢年节都要上香。对生产中的每一个过程，诸如狩猎、砍山、采集、耕地、播种、插秧、收割、建谷仓、吃新米等等，都要请师公占卦选吉日，举行祭祀。
盘瑶和山子瑶主要在山岭上耕作，他们认为山都由山神掌管，必须敬奉山神才有收获，故在围猎野猪、山羊、黄猄等糟踏农作物的野兽时，先由师公或道公喃神，祈求山神保佑他们猎得野兽，以保护农作物，获得猎物后，必须先用兽头祭过山神，而后方能分配。
在瑶族社会发展过程中形成了图腾崇拜。盘瑶、山子瑶、坳瑶崇拜盘瓠图腾，禁吃狗肉；广西南丹大瑶寨瑶族“母猴妈妈”的故事流行了千百年，从中可以看出瑶族存在着图腾崇拜。盘瑶、山子瑶、坳瑶不仅相信盘瓠是他们的祖先，繁衍出十二姓瑶人，还认为在十二姓瑶人迁徙的渡海途中遭遇大风巨浪而得以幸免于难，是祖先盘瓠保佑的结果。因此他们都要世代相继地在一定时间进行“还愿”——跳盘王，歌颂始祖的功迹，激励人们不畏艰难险阻，勇往直前，并祈求始祖保佑人丁兴旺。
古代时候，瑶族认为人死后有三个鬼魂：一个在墓葬地里，一个在家里，一个在扬州十八洞。因为敬畏鬼魂，崇拜鬼神，所以瑶族对死的处理很讲究，产生了各种不同的葬礼葬法。瑶族的祖先崇拜是伴随着鬼魂崇拜的产生和发展而形成的。始祖和一些氏族部落首领死后成为人们共同崇拜的祖先神。跳盘王和清明扫墓是瑶族祖先崇拜的典型表现。
盘瑶、蓝靛瑶和部分茶山瑶青年成年时，必须举行一次“度戒”仪式，其意义与成丁礼相同。举行仪式时，据说要翻云台（从一丈多高的台上向后倒下），上刀山（赤脚爬上插有利刀的梯子），过火海（赤脚走过炭火通红的火塘）等节目，历尽艰苦考验。只有经过度戒，才能结婚成家，和具有参加社会活动或进一步接受道公、师公传授法术的权利，并相信死后可以升天做官。
其它支系瑶族大多只有以下两种人需要度戒，一是师公，二是道公，前者驱邪赶鬼，后者超度亡魂。无论哪里的度戒，都要招待大批客人，欢宴数餐，有的仅猪肉就要耗费上千斤。现在各地的度戒仪式一般都比以前有所简化，所花费的人力、物力、财力和时间已大为减少。一些坏的习俗已被革除，好的习俗则被保留下来，并赋予新的内容，促进人们的生产，丰富群众的生活。度戒仪式中一些内容，如上刀山、过火海等，已经成为一些瑶族地区民族风情旅游表演的保留节目。
宋、元以来，道教、佛教相继传入瑶族地区。清代道教在瑶族地区广泛传播。鸦片战争后，大批西方传教士陆续来到中国，进入瑶区，在一些山区建立教堂，进行传教活动。因此，在广西十万大山、永福和金秀等地瑶族中也有部分群众信仰天主教。