缴烟
道光十九年二月十一（1839年3月25日），义律屈服，愿意约见任何一名官员。广州知府与他见面，但义律又不出现。林则徐向义律作最后通牒——《示谕外商速交鸦片烟土四条稿》，痛斥义律，义律最终于二月十四（1839年3月28日）朝早六时服从林则徐之命令。向林则徐呈送了《义律遵谕呈单缴烟20283箱禀》；从林则徐3月10日到达广州，到义律3月28日被迫同意缴出全部鸦片，总共18天。
不过义律留有后著，他不让外国烟商直接交鸦片给林则徐，而是先交给他，并且由他以商业监督的资格给各商收据，再“以不列颠女王陛下政府的名义”缴出鸦片，连利息、运费一共20280箱鸦片，共计二百数十万斤。令商业冲突变相成中英两大帝国的冲突。
封锁十三行事件后被写入《南京条约》，并以此为借口索取赔款600万银元。条约写道：“四、因大清钦差大宪等于道光十九年二月间经将大英国领事官及民人等强留粤省，吓以死罪，索出鸦片以为赎命，今大皇帝准以洋银六百万银元偿补原价。”
道光十九年二月十六（1839年4月10日），林则徐、邓廷桢及广东海关监督豫坤乘船到达虎门，会同广东水师提督关天培验收鸦片。烟贩在沙角缴烟，并在路易莎号签发收据。林则徐便建议缴出一箱鸦片，则赏茶叶五斤。
美国及荷兰烟商承诺永不再贩鸦片，义律却从中破坏，缴烟途中运走鸦片，又以各种理由拖延缴烟时间。林则徐将计就计，也延长封锁十三行的时间，义律无奈如数缴烟。三月十九（1839年5月12日），民间缴烟完毕，拘捕吸毒者、烟贩一千六百人，收缴烟膏四十六万一千五百二十六两、烟枪四万二千七百四十一杆、烟锅二百一十二口。四月初六（1839年5月18日），烟贩缴烟完毕，共收一万九千一百八十七箱又二千一百十九袋。四月十一（1839年5月23日），兰士禄·颠地等英国商贩被驱逐出境，次日义律亦将十三行的英国人撤到澳门。
销烟
林则徐本想将鸦片运回京师销毁，不过御史邓瀛认为为防鸦片被偷偷换掉，就地销毁更好，道光帝同意。林则徐决定于虎门公开销烟，接下来林则徐就要找出销毁鸦片的方法。林则徐曾使用传统销毁鸦片“烟土拌桐油焚毁法”，但膏余却会渗入地中，吸毒者掘地取土，仍得十之二三。于是林则徐找出第二种方法“海水浸化法”。
海水浸化法的办法是在海边挑挖两池，池底铺石，为防鸦片渗漏，四周钉板，再挖一水沟。将盐水倒入水沟，流入池中。接着把烟土割成四瓣，倒入盐水，泡浸半日，再投入石灰，石灰遇水便沸，烟土溶解。各名士兵拿木耙不停在池中搅拌，务求烟土完全溶入水中。待退潮时，把池水送出大洋，并用清水洗刷池底，不留涓滴。
当天日记里又说：“以日内消化鸦片，放出大洋，令水族先期暂徙，以避其毒也。”
道光十九年四月廿二（1839年6月3日），虎门销烟正式开始，虎门搭起了一座礼台，前面挂著一面黄绫长幡，上书“钦差大臣奉旨查办广东海口事务大臣节制水陆各营总督部堂林”，广东各高级官员全部出席。由于销烟是公开参观的，加上是端午节前后，因此人们纷纷前往虎门浅滩。另外，不贩鸦片的外商、领事、外国记者、传教士等等，都专程由澳门或其他地方前来参观，当中无一是英国人，以抗议清廷对英国人财产施加压迫。
当中有带同家眷之不贩鸦片的美商C·W·金、传教士裨治文、商船船长弁逊等十人，不信林则徐有办法把所有鸦片完整销毁，于是前来实地考证。林则徐干脆给他们进入池边，让外国观察员直接详看销烟方法，沿途讲解。待观看全部过程、反复考察后，皆心悦诚服，向林则徐脱帽致敬。事后，传教士裨治文在任职的《中国丛报》中记述：
“我们已经反复检查销毁过程的一部分，他们在整个工作进行时的细心和忠实的程度，远远超过我们的预料，我不能想象再有任何事情会比执行这项任务更加忠实的了。”
此外，《澳门月报》、《季度评论》、《新加坡自由新闻》、《广州纪时报》等外国人报纸皆大篇幅连续报道虎门销烟，而且得到与鸦片贸易无关的外国人支持及肯定。英国本土方面也因此事件而物价增涨，尤其是大米、丝绸和银。
澳葡政府亦对查禁鸦片一事相当合作，葡萄牙商人全部承诺不贩鸦片，并欢迎林则徐亲临查办。林则徐于是发表声明，不但葡萄牙商人可以正常贸易，往中国贸易时更会得到保护，绝不被人欺凌。
从道光十九年四月廿二至五月十日（1839年6月20日）当中，共销毁两百三十七万六千二百五十四斤鸦片，其中少数鸦片运送京师作样本，然后销毁。