1. 三大疑案
在清朝初期(后金)发生了一直为后人所津津乐道的三大疑案，这三个案件都与清朝奠基者努尔哈赤有关，其一，努尔哈赤囚禁亲弟弟舒尔哈齐并致其死亡;其二，杀掉长子褚英;其三，休掉自己的宠妃富察氏。今天，我们先来说说这第一件疑案：努尔哈赤囚禁亲弟弟并致其死亡!前面我们提到了，这几个疑案都与努尔哈赤有关联，细想一下也确实可以理解，在努尔哈赤发迹之初，要想巩固自己的绝对领导地位，不得不排除些异己，也是政局所迫。
努尔哈赤一生征战，待到有了一些规模之后自己却已逐渐老去，而其家族中也逐渐分化出了几股不同的“势力”，第一股势力是努尔哈赤的两个弟弟舒尔哈齐和雅尔哈齐为首的“兄弟集团”;第二股势力是以长子褚英为首的“儿子集团”。
2. 史书记载很少
舒尔哈齐是努尔哈赤的亲弟弟，是同父同母的第三子，比努尔哈赤小五岁，有关这亲兄弟之间的矛盾，正史里并未详细记载，而在一本名叫《清太祖高皇帝实录》中有三处记载了有关舒尔哈齐的事件。其中第一件事，是描述的舒尔哈齐在攻打哈达的时候临阵退缩，这一行为让努尔哈赤很是失望，并在众将士之前怒斥了他，这让舒尔哈齐很没面子。虽然舒尔哈齐“工作不力”，但是也应该罪不至死，何况还是自己的亲弟弟，一起跟着自己出生入死到现在，所以囚禁之说不可能是因为这件事。第二件事，是攻打乌拉的时候，当时努尔哈赤命令弟弟舒尔哈齐、长子褚英、次子代善率兵到乌拉斐优城押运俘虏，当他们到达斐优城外时，天空出现异象，舒尔哈齐说：“我征战多年，从来没见过这样的异象，一定是不祥之兆，我们还是退兵吧。”
褚英和代善立即表示反对，二人坚持率队进城收押俘虏，而舒尔哈齐带领五百余人不敢进城，而是躲在山下。就在褚英和代善在城内收纳城内居民的时候，布占泰率领一万人马杀了过来。褚英并没有慌张，对着手下三千多人说：“以前父皇都是百战百胜，而这个布占泰以前也是我们的手下败将，这次还想过来送死。”他的一番话让众将士热血沸腾，极大地鼓舞了大家的士气。虽然布占泰人数占优，但是从气势上却不及对方，还是大败逃走，这场仗褚英和代善的功劳很大，而舒尔哈齐却啥也没干，躲了起来。后来努尔哈赤要处决跟舒尔哈齐一起躲起来的两位大将，舒尔哈齐却说：“杀了他们跟杀我有什么区别?”后来努尔哈赤对此事并没有追究。
第三件事，在《清太祖高皇帝实录》这本书中记载舒尔哈齐死于万历三十九年，也就是1611年，享年四十八岁。所以，上面这些关于舒尔哈齐在战场上的一些表现不太可能是努尔哈赤囚禁他的原因。
3. 想要另立山头
而在另外一本《清史稿·舒尔哈齐传》里记载的内容可能与这疑案关联最大的了。《清史稿·舒尔哈齐传》里有这么一段描述：自是上不遣舒尔哈齐将兵。舒尔哈齐居恒郁郁，语其第一子阿尔通阿、第三子扎萨克图曰：‘吾岂以衣食受羁于人哉?’移居黑扯木。这段话的意思是说：舒尔哈齐在战场上的表现令努尔哈赤失望，努尔哈赤不再让他带兵，类似于解除了他的兵权，他心里很郁闷，对两个儿子说‘大丈夫怎么能够寄人篱下呢?’要不我们另立山头吧。
4. 努尔哈赤的底线
对于努尔哈赤来说，他不允许自己辛辛苦苦打拼下来的江山面临分裂的危险，而这也是他的底线。努尔哈赤给舒尔哈齐发了通牒要求他回来，在杀了舒尔哈齐大儿子和三儿子之后，舒尔哈齐才最终回到努尔哈赤身边，而这个时候努尔哈赤剥夺了他一切权利，并杀了舒尔哈齐身边的近臣。不管舒尔哈齐在战场上表现如何，努尔哈赤都能对他宽宏大量，但是这一次他犯了一个严重的政治错误，而这个错误在历史上算是最严重的错误了。
