明朝（1368-1644年）作为中国历史上最后一个由汉族建立的封建王朝，其政治制度在继承前代的基础上进行了深刻变革。尽管“三省六部制”作为中国古代中央官制的经典模式被广泛认知，但明朝的制度设计却彻底打破了这一框架，形成了以皇权为核心、六部直接对皇帝负责的独特体系。这一变革不仅重塑了中央政府的权力结构，更深刻影响了明朝乃至后世中国政治的发展走向。
一、三省制的终结：从权力制衡到皇权独尊
隋唐时期的三省六部制以中书省、门下省、尚书省为核心，形成决策、审议、执行的分工体系。三省长官同为宰相，通过相互牵制实现权力制衡，尚书省下设的吏、户、礼、兵、刑、工六部则具体执行政务。这种制度设计既提高了行政效率，又通过分散相权强化了皇权。
明朝对三省制的彻底废除始于明太祖朱元璋的制度革新。洪武十三年（1380年），因丞相胡惟庸谋反案，朱元璋下令废除中书省及丞相职位，撤销延续千年的三省制。这一举措具有双重目的：其一，消除相权对皇权的潜在威胁，将决策权完全收归皇帝；其二，通过直接掌控六部，实现“事皆朝廷总之”的绝对集权。此后，明朝中央政府不再设立三省机构，原中书省职能被分解为六部直接承担。
二、六部制的重构：从尚书省属官到独立行政中枢
唐朝六部隶属于尚书省，作为执行机构对尚书省负责，形成“中书取旨、门下封驳、尚书执行”的完整链条。而明朝六部则直接对皇帝负责，成为最高行政机构。洪武十三年废除中书省后，朱元璋明确规定六部“分理庶政，各不相属”，其长官尚书品秩从正三品升至正二品，与六部地位提升同步的是皇帝对六部事务的直接干预。例如，朱元璋每日清晨亲自主持朝会，直接批阅六部奏章，甚至亲自处理具体政务，这种“事必躬亲”的统治方式在明代前期尤为显著。
六部职能的专业化强化是明朝制度变革的另一特点。吏部掌管官员考核任免，户部负责户籍赋税，礼部主管礼仪教化，兵部统辖军事，刑部执掌司法，工部管理工程营造。每部下设清吏司分掌具体事务，如户部按地域划分十三清吏司，刑部对应设置十三司，这种精细化分工提高了行政效率，但也导致部门间协调困难，为后期宦官专权埋下隐患。
三、内阁制的兴起：从顾问机构到权力中枢
废除丞相后，朱元璋设立四辅官（春、夏、秋、冬官）作为临时顾问，但因效率低下很快废止。洪武十五年（1382年），仿宋制设立殿阁大学士（华盖殿、武英殿、文渊阁、东阁、文华殿），品秩仅正五品，职责为“侍左右，备顾问”，形成内阁雏形。
内阁权力的渐进式扩张始于明成祖朱棣时期。永乐年间，内阁大学士开始参与机务，成为皇帝与六部之间的桥梁。明仁宗、宣宗时期，内阁通过兼任太子经师获得政治合法性，逐渐形成“票拟”权（代皇帝起草诏令）。至明世宗嘉靖年间，内阁首辅夏言、严嵩等人权力达到顶峰，其地位“赫然为真宰相”，甚至能压制六部尚书。这种“虽无相名，实有相职”的格局，标志着内阁从顾问机构演变为事实上的行政中枢。
内阁与六部的权力博弈贯穿明代中后期。尽管内阁首辅品秩始终低于六部尚书，但通过“票拟—批红”制度（内阁起草诏令，皇帝或司礼监批红）掌握决策主动权。例如，张居正任首辅期间，通过改革考成法强化内阁对六部的控制，实现“部权尽归内阁”的短暂集权。然而，这种权力结构始终依赖于皇帝个人能力，明神宗长期怠政导致“批红”权落入宦官之手，内阁与六部均沦为权力斗争的牺牲品。
四、制度变革的历史逻辑：皇权专制的终极追求
明朝废除三省制、重构六部制、兴起内阁制的根本动机，在于通过制度设计实现皇权的绝对集中。朱元璋以“祖制”形式确立“六部直接对皇帝负责”的原则，将唐代以来通过分散相权强化皇权的策略推向极致。内阁制的创立则是在废除丞相后，为填补权力真空而设计的弹性机制——当皇帝勤政时，内阁作为辅助机构提高行政效率；当皇帝怠政时，内阁又成为权力争夺的焦点。
这种制度变革的双重影响显著：一方面，明朝前期出现“洪武之治”“永乐盛世”等强盛局面，六部专业化分工推动了手工业、商业的发展；另一方面，过度集权导致后期政治腐败，东林党争、阉党专权等现象频发，最终加速明朝灭亡。清承明制，在保留六部制的同时，通过设立军机处进一步强化皇权，使中国古代专制主义中央集权达到顶峰。