1894年(光绪二十年)中日爆发甲午战争。如何应付这场战争，清政府内部存在两派。一派以慈禧太后为首，史称后党，主张求和;另一派以光绪皇帝为首，史称帝党，主张力战。光绪虽已亲政，但重大事务决策权仍在慈禧手里。
慈禧与光绪的关系。他们既是伯母与侄儿，又是姨妈和外甥。光绪的父亲奕譞是慈禧丈夫咸丰皇帝的弟弟，娶慈禧的妹妹为妻，生下载湉。慈禧的儿子同治皇帝驾崩后，慈禧一锤定音，过继时年只有四岁的载湉给前皇帝咸丰和自己做儿子，并立为帝，两人成为名义上的母子。
随着甲午战败，30多年洋务运动的成果灰飞烟灭，康有为、梁启超等有识之士认识到，非革新政治不足以救亡图存。光绪也“愤极愧极”，为了“不做亡国之君”，他逐步认识到学习西方不能“徒袭其皮毛”，必须进行根本的政治改革。他曾当面对慈禧表示，甘愿“坏祖宗之法”，也要推进新政。而慈禧却对光绪说：“凡所施行之新政，但不违背祖宗大法，无损满洲权势，即不阻止。” 虽然两人都希望大清走向富强，但对“祖宗之法”的立场不同，为变法失败埋下了伏笔。
被慈禧太后扼杀的变法
1898年(光绪二十四年，戊戌年)6月11日，光绪采纳维新派康有为等人的主张，下《明定国是》诏，接连发出数十道变法命令。除旧的部分有：废八股，改试策论;废各省书院、祠庙改为学堂;裁减绿营;裁撤詹事府等重叠机构。布新的部分有：办学堂，首先筹办京师大学堂;设中国银行、矿务铁路总局、农工商总局，倡办各种实业;奖励新著作、新发明;设立译局，编译书籍;准许自由开设报馆、学会;编制国家预算，公布岁出岁入;广开言路，提倡上书言事等。
这些变法新政的举措，是要用西方国家和日本明治维新的模式取代中国传统的封建制度，这就大大触动了顽固派的既得利益，危及到其统治。对于光绪的变法诏谕，只有湖南巡抚陈宝箴认真执行，湖北巡抚曾稣较为热心，其他各省督抚则观望敷衍，甚至抵制，对“谕令筹办之事，竟无一字复奏”。新政在绝大多数省份不能推行。光绪的变法令大都成为一纸空文。
《明定国是》诏颁布后第四天，慈禧逼迫光绪连发三道上谕：一、罢黜帝党首领、光绪老师翁同龢，逐回原籍;二、任命慈禧亲信荣禄为直隶总督，统帅京畿董福祥部、聂士成部、袁世凯部三支重兵;三、凡授任新职二品以上大臣，“具折到皇太后前谢恩”。这对于已经归政光绪的慈禧来说，无疑是要重新控制光绪了。
在变法中，当大学士孙家鼐提出“若开议院，民有权而君无权”时，光绪回答：“吾欲救中国耳，若能救国，则朕虽无权何碍?”即为了国家而不惜自己的权位。事实证明，光绪是这样说的，也是这样做的。
面对慈禧的一连串举动，光绪试图通过壮大自己的力量来与慈禧进行对抗，以便加紧推行新政。他频频召见康有为、谭嗣同、黄遵宪等维新派(六品以下小臣)共商变法大计;将阻挠礼部主事王照上书的礼部堂官怀塔布、许应睽等六人革职，新任命七名堂官，其中四人是维新派;提拔维新派官员，特别给谭嗣同、刘光第、杨锐、林旭四人以四品卿衔，担任军机章京，架空守旧的军机大臣。
慈禧与光绪的排兵布阵，使得后党与帝党两派的斗争逐渐升级，危机四伏。光绪手中没有兵权，万般无奈之下决定冒险拉拢掌握天津新式陆军的袁世凯。而慈禧不断派人去天津与荣禄密谋，很快，荣禄调动聂士成的武毅军移驻天津陈家沟，调动董福祥的甘军移驻北京长辛店。
1898年9月15日，光绪判断事态即将剧变，召见杨锐并授以密诏，诉说慈禧反对变法，自己自身难保之苦。康有为、谭嗣同等除拉拢袁世凯外，又幻想取得日、英、美等国支持，四方奔走，但均无结果。
9月16日，光绪召见袁世凯，“著开缺以侍郎候补，责成专办练兵事务”。9月18日，御史杨崇伊上奏慈禧称：“风闻东洋故相伊藤博文，即日到京，将专政柄。”同日深夜，谭嗣同密访袁世凯，希望他起兵勤王，逼慈禧彻底交权。袁当面表示愿效忠皇帝，同时借口事机紧迫，须回天津部署。
9月19日夜，慈禧突然提前两天从颐和园返回紫禁城。9月20日，光绪先召见袁世凯，后会见日本前首相伊藤博文。
9月21日凌晨，慈禧发动政变，将光绪囚禁在中南海瀛台，宣布临朝训政。当晚，袁世凯从杨崇伊处获悉慈禧重新训政，以为事情泄露，为保全自己，和盘托出维新派的密谋。致使事态扩大，大批维新派被捕、被革、被逐和六君子被杀。变法宣告失败。 戊戌变法仅仅持续103天，其失败的教训深刻揭示了这样一个真理：既得利益集团一旦形成，必定会顽固阻挠和反对改革。与既得利益集团的决战，将决定改革的成败。
迟来的新政救不了大清
戊戌变法失败两年后，1900年义和团运动引发八国联军侵华战争。这时，慈禧获得两个完全不靠谱的信息：一是义和团有刀枪不入神功，有敢于和“洋鬼子”血战到底的决心，二是各国公使要求慈禧归政光绪。两个信息分别使慈禧认为，中国民心可用、“洋鬼子”可恨，决定向各国宣战，结果使中国又一次遭遇惨败。
在经受盲目排外失败的打击与西逃西安饱尝的艰辛之后，慈禧终于认识到列强远比大清强大，为了大清江山与亿万臣民，必须引进一些西方的制度和观念。因此抛弃了保守主义偏见，决定继续光绪在戊戌变法时提出的政策，发起清末新政。
1900年8月20日，慈禧在向西逃亡途中，以光绪的名义下罪己诏。12月1日，慈禧已逃到西安，在西安行在发布上谕：“取外国之长，乃可补中国之短。惩前事之事，乃可作后事之师。欲求振作，当议更张。”要求大臣们在两个月的限期内，就政治改革问题发表意见。然而，两个月过去了，屠杀戊戌六君子的恐怖记忆，使大臣们仍然噤若寒蝉。
1901年1月30日，一向坚持“祖宗之法不可变”的慈禧，以光绪的名义颁布变法诏书。诏书以雄辩的文字说明，只有“变法”，才能使国家渐致富强。祖宗之法也不是不可变的，而且列祖列宗也是在不断地变法。慈禧明白臣民对于戊戌政变被血腥镇压会心有余悸，在昭书中作一些新的解释。说维新派“伪辩纵横，妄分新旧”，给康有为定性为“乃乱法也，非变法也”。
尽管诏书称康有为“乱法也，非变法也”，但在实际上清末新政恰恰是戊戌变法的延续与发展。比如，戊戌变法的变科举、发展工商业和要求君主立宪的呼声，在清末新政时发展为废除科举制、奖励工商业与预备立宪的实施。
不过，清末新政却始终未脱离“永固皇位”，即以保全清朝统治者的利益为前提去实施近代化的一些措施。而慈禧的预备立宪承诺，遇到的是革命党人举起的民主共和与武装起义的大旗，已经错过了在和平环境中进行改革的历史时机。
历史给了清末新政十余年的改革时间。新政开始时，慈禧年过花甲，光绪正值壮年，虽然被囚禁于四周环水的小岛瀛台，但他一直坚持学习外语，关心与研究国内外时事，始终怀抱着“有意振兴中国”(光绪私下对即将离开皇宫的德龄语)之志。1908年11月13日，在慈禧患病多日之后，光绪也“疾甚”(见《清实录》)，次日便驾崩于瀛台涵元殿，年仅37岁。过了不到一天，慈禧驾崩。
对光绪如此蹊跷之死，百年来人们纷纷怀疑他死于谋杀。从2003年至2006年，北京市公安局侦查人员与中国原子能科学院科研人员，从光绪陵寝提取光绪的头发进行检验，结果发现含量相当高的砒霜。后来，中国人民大学教授、国家清史编纂委员会主任戴逸撰文称，慈禧惟恐自己先死，光绪复出尽翻旧案，故在全国大造光绪病重舆论，希望光绪因体弱多病而先死。但事与愿违，自己先罹重病，势将不起，故临终前令亲信毒死光绪。从检测结果与史料记载来看，这应是事实的真相。
而在光绪与慈禧驾崩后，这场在变法诏书中自称是“母子一心，臣民共见”的清末新政，却又变成摄政王载沣等人的拨弄朝政。历史是无情的，三年后，清王朝最终无可挽回地被革命党人推翻了。
