嘉庆四年（1799年）正月，刘墉被加封为太子少保，参与审理文华殿大学士和珅不法之案。年底，刘墉上疏陈述漕政，对漕运中的漏洞体察至深，忧国忧民之情溢于言表，嘉庆皇帝看后，深以为然。
嘉庆六年（1801年），刘墉充任会典馆正总裁。
嘉庆七年（1802年），皇帝驾幸热河，命刘墉留京主持朝政。此时刘墉已八十有余，却轻健如故，双眸炯然，寒光慑人。
嘉庆九年（1804年），刘墉于北京驴市胡同家中逝世，享年八十五岁。[1]去世前两天，他还曾到南书房值班，夜间招宾客饮宴。而据《啸亭杂录》记载，刘墉死时“鼻注下垂一寸有余”，暗合佛语中善于解脱之意，可说是寿终正寝、功德圆满。死后赠太子太保，谥号文清，入祀贤良祠，谕祭葬。
刘墉死前还在恪尽职守，做着自己的工作，白天在宫里当值，下班回府邸后，在家里开了宴会，招待了一些友人和自己有关系的人物。热闹过后，刘墉便下榻而睡，一睡就睡过去再也没有醒来过。