关于努尔哈赤的死因，史学界一直众说纷纭，而争论的焦点主要集中在，他是被袁崇焕的炮火所伤，郁愤而死，还是因为身患毒疽，不治身亡。
病死说
病死说出自《清史稿》，据记载，在天命十一年七秋七月“上不豫”，至“八月丙午，上大渐，乘舟回。庚戌，至爱鸡堡，上崩”。
重伤致死
而重伤致死出自朝鲜人李星龄所著的《春坡堂日月录》，据该书记载，朝鲜译官韩瑗随使团来明时，碰巧与袁崇焕相见，袁很喜欢他，宁远之战时曾把他带在身边，于是韩瑗得以亲眼目击这次战役的全过程。宁远战事结束后，袁崇焕曾经派遣使臣带着礼物前往后金营寨向努尔哈赤“致歉”（实为冷言讥讽），说“老将（按：指努尔哈赤）横行天下久矣，今日见败于小子（按：指袁崇焕），岂其数耶！”努尔哈赤“先已重伤”，这时备好礼物和名马回谢，请求约定再战的日期，最后终于“因懑恚而毙”。这条史料明确记载努尔哈赤是在宁远之战中受了“重伤”，并由于宁远兵败，精神上也受到很大的创伤，整日悒悒不自得。在肉体和精神受到双重创伤的情况下，这位沙场老将终于郁郁而终。
但清史专家李鸿彬在《满族崛起与清帝国建立》一书中，却对努尔哈赤炮伤而死论者的关键证据《春坡堂日月录》提出了质疑，并提出第三种观点“愤懑致死”说。
疑点一：既然朝鲜译官韩瑗都知道努尔哈赤“先已重伤”，那么守卫宁远的最高统帅袁崇焕就应更加清楚，何况袁崇焕还曾派遣使臣前往后金营中察看过呢。如果努尔哈赤确实身负“重伤”，这当然是袁崇焕的特大功劳，也是明军的重大胜利，不仅袁崇焕本人，而且朝廷上下、文武百官都将对此事大书特书，以便激励军民的士气。但是，无论是袁崇焕本人报告宁远大捷的折奏，还是朝廷表彰袁崇焕的圣旨抑或朝臣祝贺袁崇焕宁远大捷的奏疏，其中都只字不提努尔哈赤受伤之事，显然是后人附会之说。
疑点二：努尔哈赤战败于宁远，是1626年正月，至八月二十日死，其间八个多月。从大量史料记载看，在这八个多月中，努尔哈赤并没有去治病，而是“整修舟车，试演火器”，并且到“远边射猎，挑选披甲”，积极准备再进攻宁远，以复前仇。四月，亲率大军，征蒙古喀尔喀，“进略西拉木轮，获其牲畜”。五月，毛文龙进攻鞍山，后方吃紧，这才回师沈阳。六月，蒙古科尔沁部的鄂巴洪台吉来朝，他亲自“出郭迎十里”，全不像“重伤”之人。
因此，李鸿彬认为，努尔哈赤在宁远之战中有没有身受“重伤”，是不是“懑恚（mèn huì）而毙”，很值得怀疑。
李鸿彬认为，努尔哈赤回到沈阳以后，一则由于宁远兵败，赫赫有名的沙场老将败在初历战阵的青年将领手中，精神上受到很大的创伤，整日心情郁忿；二则因为年迈体衰，长期驰骋疆场，鞍马劳累，积劳成疾。同年七月中，努尔哈赤身患毒疽，并非炮伤，二十三日往清河汤泉疗养。到了八月七日，他的病情突然加重。于五日之后，八月十一日，便乘船顺太子河而下，转入浑河时，与前来迎接大妃乌拉那拉氏相见后，行至离沈阳四十里的叆鸡堡逝世。