康熙二年（1663）五月，明史案终于结案。此案先后牵连千余人，妻子被发配东北沈阳附近的宁古塔者几百人。
凡作序者、校阅者及刻书、卖书、藏书者均被处死。被杀者共七十余人。其中庄廷鑨之弟庄廷钺、李令皙、茅元铭、蒋麟征、张寯、韦元介、潘柽章、吴炎、吴之镕、吴之铭等十四人凌迟处死；归安，乌程的两名学官处斩。湖州原任知府陈永命于康熙元年（1662）罢官，至山东台儿庄，自缢于旅馆。棺材被运回杭州，开棺磔尸。其弟江甯县知县陈永赖，也同时被斩。归安县学新任训导王兆祯、推官李焕、湖州新任知府谭希闵（到任只半月）等人处绞。
刻字工汤达甫、印刷工李祥甫，书店老板王云蛟、陆德儒惨遭屠戮。
庄允诚被逮捕上京，后来不堪虐待死于狱中。据说吴之荣派人毒哑了他，防止他辩解。庄廷鑨被掘墓开棺焚骨，全族获罪。
作序者李令皙及其子李礽焘等4人、被认为提供原稿的朱佑明及其子朱念绍、朱彦绍、朱克绍和侄子朱绎先后被斩杀，妻子徐氏吞金自尽，李令皙的幼子十六岁，法司命他减供一岁，得免死充军。少年不肯，最后一并处斩；董二酉当时已死，尸体被从棺材中挖出，肢解成36块，子董与沂，也被诛杀。
湖州府学教授赵君宋本是告发者之一，亦以“私藏逆书久不上缴”罪名被处斩。苏州浒墅关主事李继白因买书被杀。
杭州将军松奎，浙江巡抚朱昌祚以下所有官员，革职查办，撺掇松奎收贿的程维藩被诛。学政胡尚衡、松江提督梁化凤、守道张武烈等人以重金行贿得免。
列名参校的范骧、查继佐、陆圻三人告发有功，无罪开释。（当世普遍认为是吴六奇所救，但当事人在《查继佐年谱》里否认有此事，说：“葛如，方布衣野走，世传余有一饭之恩，怀之而思报。其实无是也。是则公在时已传其事，故公为之辨。”乾隆时诗论家吴骞在《拜经楼诗话》中也认为此传闻事不可靠。）三人和告发者吴之荣各得到庄允诚、朱佑明两家一半财产，范陆二人拒而不受，只有査继佐照收无误——《费恭庵日记》记述：“余亲见船舶慈感寺前，领来朱庄厨桌家伙约十余舟载去，转祸为福，真回天手段也。”。
同列参校的查伊璜非但未伤毫发，反而因首告有功，“与之荣同列赏格，分庄珑籍产一半”。《五石脂》记载，查继佐告密所得不再是庄家财产的一半，而是十分之一，加上“十余舟”的器物。“……同时以不列名而获免者，尚有四人……陆璘，查伊璜、范文白、陆丽京……伊璜名继佐，海宁举人……咸负文望，列名参订中。庚子书成颁布，三人以不相闻，于顺治十八年辛丑十二月，具呈学道胡尚衡，辨明其诬……之荣出首时，即谓庄胤成（即君维）、朱佑明、查伊璜等共造此书。
至公庭质对，亦坚执伊璜等主笔。查以递过检明呈为词，吴复质其何不首督抚而独首学道。明系借此得赃名实两遂之计。查遂无词。囚禁者逾时，既乃密求于粤中总兵吴六奇，事始得解。先是满官督抚上本，俱依之荣口供，谓查系同谋造送。及吴为查营解，至定案时，遂一反其词。谓查三人，虽不比之荣之发觉，亦系首事之人，依律颁赏。
故之荣荫袭拜他哈哈番，并给朱庄财产十分之一。查、范、陆亦得颁给器用什物。据《费恭庵日记》，谓曾亲见查等在慈感寺前领取朱、庄家具，约十余舟云。”（转载节录自《汉军旗旗人金庸对祖先的洗白运动》）
《明史辑略》被销毁。
后续
陆圻免死，看破红尘，从此云游，不知所终。
吴之荣立功复起，得到抄没朱佑明的家产，官至右佥都。